重返未來：1999 陣營 — 14 個組織
重返未來：1999 全 14 個陣營與組織：由誰領導、是否仍在活動、據點何在、與誰為敵，一次查清楚。
Arcane Incident Department是Laplace Scientific Computing Center轄下的一個部門。它首次登場於《1999!Arcane Incident Department》。
Austro-Hungarian Armed Forces是奧匈帝國的武裝部隊。
Imperial German Army是德意志帝國的陸軍與空軍部隊。
Institutum Lorentz（簡稱Lorentz）是一個隱藏於Laplace Scientific Computing Center內部、但獨立運作的大型神秘主義機構。他們並不隸屬於St. Pavlov Foundation或Laplace，並在世界各地設有分部。
Laplace Scientific Computing Center（又稱LSCC或簡稱Laplace）是隸屬於St. Pavlov Foundation旗下的研究機構，集結了世界上最聰明的科學家。他們致力於在科學與秘術之間取得奇蹟般的平衡，藉此尋找「未來」的答案。
「他們的出現，既為了復興，也為了復仇。」重塑之手是一個近年來才崛起、極為神秘的恐怖與極端組織，由致力於消滅普通人類的秘術師所組成，他們對人類懷有怨恨，並蔑視混血種，只承認秘術師才是「人類」。即便藏在漆黑的面具之下，他們根深蒂固的仇恨依然清晰可見。
「把孩子交給學校，儘管放心。他們會成為好孩子。」School of Primary Defense of Mankind（簡稱SPDM）是隸屬於St. Pavlov Foundation旗下的教育機構，招收來自世界各地的孩童。
St. Pavlov Foundation 一個在世界各地設有分部的龐大組織，致力於管理所有秘術師。黑白菱格圖案象徵著不容挑戰的秩序，為人類的和平與福祉服務。
Thracian Liberation Front是一個在Thracia地區活動的革命組織，首次登場於「長夜鳴笛」。
United States Armed Forces是美利堅合眾國的聯合武裝部隊。
Team Timekeeper是St. Pavlov Foundation旗下由時任者招募而成的秘術師團隊，專精於處理與「風暴」及重塑之手相關的實地任務。他們並未正式登記於組織之中，因此嚴格來說並不算Foundation的一員，而是透過時任者與其產生關聯。
隸屬於St. Pavlov Foundation旗下的秘術國際警察組織。該局負責甄選、培訓、考核並派遣秘術事務執法人員，這些人員也被稱為Vigiles。這是St. Pavlov Foundation旗下的一個部門，其成員正式名稱為「特別執法官」，但通常被稱為「Vigiles」。在獲得適當授權後，他們與世界各地的執法機構合作，以預防與偵辦秘術師犯罪。加入該局需通過Foundation嚴格的秘術技能訓練與考試——在
「Ⅻ」小隊是為Foundation效力的一支隊伍，由擔任隊長的Creius所率領。「Ⅻ」小隊首次登場於「A Long Long Way」。
服從、忠誠、堅定不移。Zeno Armaments Engineering & Technology Academy（又稱Zeno Arms Academy，或簡稱Zeno）是一個提倡將秘術武裝力量與人類社會武裝力量相互整合的菁英組織。身為Pax House的常備軍，其活動遍及全球，肩負著甄選與培訓下一代士兵的重要任務。在Event Horizon Convention之後，Zeno與世界各國簽署引渡協議，接收符合年齡條件的孩童並提供系統化訓練。他們正是創造出潔西卡的人。