Cốt truyện — Zenless Zone Zero

Phaethon's Story (còn gọi là Major Commissions) là cốt truyện chính của Zenless Zone Zero, kể lại hành trình của Belle và Wise điều tra các Hollow để tìm hiểu sự thật đằng sau "Fall of the Old Capital" (Sự sụp đổ của Cựu Đô), liên minh cùng nhiều Agent và Phe phái trên đường đi. Một số chương yêu cầu người chơi đạt Inter-Knot Level nhất định mới mở tiếp được. Story Commission (Ủy Thác Cốt Truyện) là loại nhiệm vụ gắn trực tiếp với mạch truyện chính, chia làm nội dung "City" (không lưu vào H.D.D., không chơi lại được toàn bộ) và nội dung "H.D.D." (được lưu, chơi lại vô hạn, có thể thử ở "Hard Mode").

Sau khi bắt đầu nhiệm vụ "The Hare and the Proxy" ở phần Prologue, người chơi được hỏi muốn chơi Story Commission theo cách nào; có thể đổi lại bất kỳ lúc nào trong menu Cài đặt chung. Casual Mode: tập trung cốt truyện, chiến đấu dễ hơn, hợp người chơi thông thường. Challenge Mode: vừa thử thách vừa theo mạch truyện, chiến đấu khó hơn, hợp người chơi kỳ cựu.

Story Commission thuộc nhóm "City" (khác City Commission) không được lưu vào H.D.D. và không chơi lại được toàn bộ, dù đoạn hội thoại "Special Event" vẫn có thể xem lại qua Video Archive. Các nhiệm vụ này thường gắn với mạch truyện chính qua Phaethon's Story, hoặc là một phần của Agent Story / Special Episode.

Các Story Commission được ghi vào hệ thống H.D.D. để chơi lại, gắn với một "Chapter" nhất định. Easy Mode: chơi lại đúng như diễn biến ban đầu, đủ hội thoại Special Event, địch dễ hơn/không giới hạn thời gian, có Trial Agent như ban đầu. Hard Mode: mở sau khi hoàn thành Easy, địch mạnh hơn, có giới hạn thời gian và tiêu chí hoàn thành khác, KHÔNG có Trial Agent (phải dùng đội hình tự xây). Array Mode: lối chơi dò Hollow kiểu "màn hình TV" đi từng ô, dùng cho phần lớn Story Commission bản 1.0, từ bản 1.2 không còn dùng cho commission mới, bản 1.4 phần lớn commission cũ được làm lại sang lối chơi "Marcel Maze" (còn gọi "Eous Gameplay"), bản Array Mode cũ vẫn xem được qua công tắc bật/tắt trong UI. Rank-Up: nhóm phụ của Story Commission, mở khi đạt Inter-Knot Level nhất định, là cách DUY NHẤT để tăng Proxy Rank — có 4 nhiệm vụ loại này, do Shepherd giao ở Inter-Knot level 20, 30, 40, 50.

Theo wiki cộng đồng (mục Navigation), Season 1 gồm: Prologue "Business x Strangeness x Justness" · Chapter 1 "Cat's Lost & Found" (A)/(B) · Chapter 1 Intermission "The Zero Zone" · Chapter 2 "A Call From the Hollow's Heart" (A)/(B) · Chapter 2 Interlude "Mission Unthinkable" (A)/(B) · Chapter 3 "The Midnight Pursuit" (A)/(B) · Chapter 4 "Tour de Inferno" (A)/(B) · Chapter 5 "A Storm of Falling Stars" (A)/(B) · Season 1 Epilogue "Bury Your Tears With the Past" (A)/(B). wiki cộng đồng không công bố tóm tắt nội dung từng chương, chỉ có tên và thứ tự — nội dung cụ thể: chưa công bố.

Theo wiki cộng đồng, Season 2 gồm: Chapter 1 "Where Clouds Embrace the Dawn" · Chapter 2 "The Impending Crash of Waves" · Chapter 3 "Do Not Go Gentle Into That Good Night" · Chapter 4 "Memories of Dreams Bygone" · Chapter 5 "On the Precipice of the Abyss" · Chapter 6 "To Be Fuel for the Night" · Season 2 Interlude "Encore for an Old Dream" · Season 2 Epilogue "New: Eridan Sunset" (A)/(B). Mỗi chương được thêm dần theo từng bản cập nhật (2.0 đến 2.8, xem Change History). Nội dung cụ thể từng chương: chưa công bố.

Theo wiki cộng đồng, Season 3 (đang tiếp diễn, chưa hoàn kết) hiện có: Chapter 1 "A Sleepwalker's Confession" (thêm ở bản 3.0) · Chapter 2 "The Long Goodbye". Ngoài ra, "The Zero Zone" (thuộc mạch Phaethon) được xếp riêng ngoài 3 season chính. Các chương tiếp theo: chưa công bố.

Theo wiki cộng đồng, mục "Phaethon" của trang Phaethon's Story ghi chú: dù một số chương được xếp loại "Major Commissions", chúng vẫn có thể tính là một phần Agent Story của riêng Phaethon — wiki nêu ví dụ Chapter 1 Intermission "The Zero Zone" cho trường hợp giao thoa này.

Theo mục Change History của wiki cộng đồng (trang Phaethon's Story), các chương được thêm dần qua từng bản cập nhật. Bản 1.0 (ra mắt, "Welcome To New Eridu") đã có sẵn: Prologue "Business x Strangeness x Justness", Chapter 1 "Cat's Lost & Found" (A)/(B), Chapter 1 Intermission "The Zero Zone" và "Just Another Day at the Video Store", Chapter 2 "A Call From the Hollow's Heart" (A)/(B), Chapter 2 Interlude "Mission Unthinkable" (A)/(B), và Chapter 3 "The Midnight Pursuit" (A)/(B). Bản 1.2 thêm Chapter 4 "Tour de Inferno" (A)/(B). Bản 1.4 thêm Chapter 5 "A Storm of Falling Stars" (A)/(B). Bản 1.6 thêm Epilogue Season 1 "Bury Your Tears With the Past" (A); bản 1.7 thêm phần (B). Bản 2.0 mở Season 2 với Chapter 1 "Where Clouds Embrace the Dawn", tiếp theo là Chapter 2 "The Impending Crash of Waves" (bản 2.1), Chapter 3 "Do Not Go Gentle Into That Good Night" (bản 2.2), Chapter 4 "Memories of Dreams Bygone" (bản 2.3), Chapter 5 "On the Precipice of the Abyss" (bản 2.4), Chapter 6 "To Be Fuel for the Night" (bản 2.5), Interlude "Encore for an Old Dream" (bản 2.6), và Epilogue "New: Eridan Sunset" phần (A) ở bản 2.7 / phần (B) ở bản 2.8. Bản 3.0 mở Season 3 với Chapter 1 "A Sleepwalker's Confession".